Powszechnie uważa się fajkę zbytnio mniej szkodliwą odkąd papierosów. Związane jest to m.in. z tym, że tytoń fajkowy wskroś wilgotność także nasycenie substancjami aromatyzującymi plus smakowymi spala się wewnątrz niższej temperaturze niż papierosowy, wytwarzając mniej szkodliwych substancji. Palacz fajki rzadziej (albo wcale) nie wciąga dymu do płuc, ograniczając się zwyczajowo do lekkiego pykania. Zapalenie fajki wymaga pewnych przygotowań, ograniczając tym samym częstotliwość palenia.
Jednocześnie spotykane są opinie, że palenie fajki być może zwiększać prawdopodobieństwo wystąpienia nowotworów jamy ustnej. Długie uchwyt fajki wewnątrz zębach przypuszczalnie skutkować wadami zgryzu dodatkowo uszkadzaniem zębów.
Producenci odkąd wielu lat proponują wciąż udoskonalane różnego typu filtry do fajek, mające zmniejszyć szkodliwość palenia. Produkowane są filtry typu osadnikowego, fizycznie oczyszczające dym z części szkodliwych składników na wskroś skraplanie innymi słowy depozycja na filtrze (np. filtry bibułkowe, z drewna balsy, metalowe osadniki) dodatkowo filtry oczyszczające dym chemicznie (np. węglowe).
Jednymi z mniej szkodliwych fajek są fajki wodne, za sprawą filtrowaniu dymu do wnętrza naczyniu z wodą. Według niektórych opracowań na zagadnienie chińskiej medycyny tradycyjnej, palenie fajek wodnych przypadkiem znajdować się chociażby wewnątrz określonych przypadłościach korzystne na rzecz zdrowia.
Choroby, które przypadkiem skutkować palenie fajki: